Bei einer Stuhluntersuchung wird eine Stuhlprobe abgegeben und analysiert, so dass bestimmte Krankheiten festgestellt werden können. Schon das Aussehen des Stuhls kann Hinweise liefern, da sich bei manchen Erkrankungen charakteristische Veränderungen bemerkbar machen. Eine Laboruntersuchung des Stuhls kann als Ergebnis einen Nachweis von Krankheitserregern bringen, aber auch der Feststellung von Blut im Stuhl sowie der Messung einiger Stoffe im Kot dienen. Unter anderem kann Durchfall der Anlass für eine Stuhluntersuchung sein.
Eine Stuhluntersuchung erfolgt in der Regel, wenn ein bestimmter Krankheitsverdacht besteht. Bei Durchfall kann eine Stuhluntersuchung angezeigt sein, damit z. B. eine Infektion nachgewiesen werden kann und der Erreger bestimmt werden kann. Mögliche Krankheitskeime sind Bakterien sowie auch Pilze, Würmer, andere Parasiten und Viren. Ist die Konsistenz des Stuhls verändert, so kann vom Arzt abgeschätzt werden, an welcher Krankheit der Patient leidet. Es können sich beispielsweise Verdauungsprobleme von Fett, Eiweiß oder Kohlenhydraten bemerkbar machen. Mit dem Haemoccult-Test, einer besonderen Variante der Stuhluntersuchung, kann Blut im Stuhl nachgewiesen werden und somit ein Hinweis z. B. auf Darmkrebs gewonnen werden.