Zur Untersuchung mit einem Rechtsherzkatheter oder einem Linksherzkatheter wird meist eine örtliche Betäubung gegeben. Über dem Blutgefäß, in das der Katheter eingeführt werden soll, wird die Haut desinfiziert. Meist ist dies an einer Arterie oder Vene in der Leiste der Fall. In das Gefäß wird zunächst eine spezielle Hohlnadel eingestochen, über die der Katheter eingeführt wird. Manchmal ist ein kurzer Hautschnitt dazu erforderlich. Der Katheter wird in der Regel mit Hilfe eines Führungsdrahtes und unter Röntgenkontrolle bis in das Herz vorgeschoben.
An der Hautstelle, an der der Katheter eingeführt wird, kann es z. B. zu Blutungen oder Nachblutungen, Blutergüssen sowie Narben kommen. Eine mechanische Schädigung von Blutgefäßen oder auch dem Herzen durch den Katheter ist möglich. Es kann zu Herzrhythmusstörungen kommen, auch ein Herzinfarkt ist nicht auszuschließen. Eine Blutgerinnselbildung am Katheter kann vorkommen. Infektionen können ebenfalls auftreten. Bei der Röntgendurchleuchtung sind unter Umständen Strahlenschäden möglich, es kann in Einzelfällen dadurch Krebs ausgelöst werden.
Zur Untersuchung des Herzens und seiner Funktionen können auch viele andere Methoden dienen. Wichtig kann z. B. eine Ultraschalluntersuchung des Herzens sein (Echokardiographie), aber auch andere bildgebende Untersuchungen wie Computertomographie (CT), Kernspintomographie (MRT) sowie ebenfalls eine Szintigraphie (Myokard-Szintigraphie). Oft muss keine elektrophysiologische Untersuchung durchgeführt werden, sondern es kann ein normales EKG von außen ausreichend sein.