Die Stanzbiopsie und die Vakuumbiopsie erfolgen normalerweise in örtlicher Betäubung, für die Feinnadelbiopsie ist eine Schmerzausschaltung meist nicht notwendig. Die Operation zur Biopsie erfolgt in örtlicher Betäubung oder in Narkose.
Für eine Vakuum-, Stanz- oder Feinnadelbiopsie wird die jeweilige spezielle Hohlnadel in das veränderte Gewebe eingeführt (mit oder ohne Röntgen oder Ultraschall). Zur Vakuumbiopsie wird die Haut meist zuvor angeschnitten. Im Normalfall werden bei den Biopsien mehrere Gewebeproben herausgeholt. Danach wird die Nadel wieder entfernt.
Die operative (offene) Biopsie entspricht einem Eingriff zur Tumorentfernung. Nach einem Hautschnitt wird das Gewebe komplett und unter Einhaltung eines Sicherheitsabstandes entfernt. Dann wird der Schnitt zugenäht.
Die Probe wird in ein Labor gegeben, dort erfolgt die feingewebliche Untersuchung (Histologie). Der Arzt erhält danach das Ergebnis. Bisweilen erfolgt bei einer Operation ein so genannter Schnellschnitt, mit dem ein Ergebnis bereits im Laufe der Operation feststeht und die Maßnahmen darauf ausgerichtet werden können (z. B. Entfernung weiteren Gewebes).